劳氏估计，去年日本海贸货物以货吨计算，出口占1.51亿吨，入口占8.39亿吨，反映出日本需购入大量原材料支持出口的海贸特色。BIMCO指出，今次海啸必定会打击3大航运市场，短期内的航运操作会几乎全面停止，但目前难以估计实际影响程度。

日本船东和港口官员昨日表示，东京和其他日本南部港口都在正常运作，但其他地区的港口都已受到一定程度的损坏。包括八户、仙台、石卷和小名滨在内，至少有6个港口都难在可见将来恢复运作，该批港口主要为二线的货柜港，亦会处理少量的干散货。鹿岛和茨城受损程度则较轻微，或能在数周内重新操作。

BIMCO称，货柜航运业主要会因今次事故被迫减少运载日本出口工业产品，班轮公司会因此跳过部分日本挂靠港。日本港口业内人士表示，处理该国全年7%出口货物的港口遭受海啸破坏，而追溯至上世纪末期的神户大地震，当时货运流程在事发后的3个月内，都不能恢复至地震前状态。

航运业内人士表示，日本急需进口更多液化天然气和低硫燃料，以取代核设施被破坏而损失的发电产能，长远需求会因应重建需要而上升。本港华光航业行政总裁Tim Huxley预期，日本在钢铁业举足轻重，今次灾难短期内会影响铁矿石市场，继而会导致波罗的海乾散货综合运费指数（BDI）出现下向调整。亦有业内人士补充，事件对铁矿石需求影响巨大但短暂，只要钢厂重开，就不会有太大波动。